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김태민

교 수 김 태 민 Kim Tae Min
교수 정보
교육분야 Genomics, Oncology TEL 02-3147-8426
연구분야 Genomics, Oncology E-mail tmkim@catholic.ac.kr
소속 가톨릭의과대학 의료정보학교실 연구실 이름 systemsbiology.co.kr

연구실 소개

연구실 소개
연구실 소개

본 연구실은 차세대시퀀싱 등의 최신 유전분석 기법을 이용해 개인의 맞춤의학을 구현하는 연구를 수행하고 전문가를 양성하는 생물정보학 연구실입니다. 본 연구실에서 수행 중인 연구테마는 다음과 같습니다.



1. 정밀의학 구현을 위한 임상마커발굴 및 암유전체 분석


다양한 암종에 대한 차세대시퀀싱 수행 및 마커발굴: 임상협업을 통해 생산된 대용량의 암유전체시퀀싱데이터를 분석하고 다양한 플랫폼(WGS, WES, RNA-seq, scRNA-seq, epigenetics 등)에 특화된 분석기법을 개발 및 적용하여 암환자의 진단 및 치료에 이용할 수 있는 임상마커발굴



2. 암유전체진화(evolution) 및 미세환경(ecology)연구


- 암종의 다중생검(multiregion biopsy) 및 암발달과정의 매칭샘플(primary-metastasis)의 유전체 비교를 통한 암진화 연구 및 진화관련마커발굴

- RNA-seq의 deconvolution기법 적용 및 단일세포전사체(scRNA-seq)연구를 통한 다양한 암종의 미세환경 규명 및 면역치료 반응예측 마커 발굴



3. 공공암유전체데이터를 활용한 새로운 암마커발굴 및 알고리즘 개발


- TCGA/ICGC데이터를 활용한 과돌연변이(hypermutation), 미세부수체불안정성(microsatellite instability, MSI), 돌연변이시그너쳐(mutation signature), 돌연변이조합(mutation pair) 등의 연구

- 멀티오믹스통합분석을 위한 플랫폼 구축 및 임상데이터 응용기법 확립 등

학력

학력
연도 기관 학과 및 전공 학위
1994 ~ 2000 가톨릭의과대학 의학 의학사
2001 ~ 2003 가톨릭의과대학, 대학원 미생물학 석사
2003 ~ 2009 가톨릭의과대학, 대학원 미생물학 박사

경력

경력
연도 기관 직위
2014 ~ 현재 가톨릭의과대학 의료정보학교실 교수 (2022.03~ 2대 주임교수)
2013 가톨릭의과대학 암진화연구센타 연구조교수
2008 ~ 2012 하버드의과대학 Center for Biomedical Informatics) Research associate
2007 ~ 2008 가톨릭의과대학 미생물학교실 연구강사
2004 ~ 2007 질병관리본부 국립보건원 공중보건의
2001 ~ 2004 가톨릭의과대학 미생물학교실 조교
2000 ~ 2001 여의도성모병원 인턴

학회활동 / 위촉활동

학회활동 / 위촉활동
기간 학회명 / 기관 직위
2014 ~ 현재 대한암학회 이사
2016 ~ 2018 한국생명정보학회 운영위원
2019 ~ 2024 한국생명정보학회 위원장
2025 ~ 현재 한국생명정보학회 부회장
2014 ~ 2018 한국유전체학회 회원
2019 ~ 2023 한국유전체학회 학술위원
2024 ~ 현재 한국유전체학회 학술부위원장

대표논문

대표논문
번호 논문제목 연결
1Cross-species oncogenic signatures of breast cancer in canine mammary tumors. Nat Commun. 2020 Jul 17;11(1):3616초록
2Spatially Distinct Reprogramming of the Tumor Microenvironment Based On Tumor Invasion in Diffuse-Type Gastric Cancers. Clin Cancer Res. 2021 Dec 1;27(23):6529-6542초록
3The shaping of cancer genomes with the regional impact of mutation processes. Exp Mol Med. 2022 Jul;54(7):1049-1060초록
4Whole-Genome Sequencing Reveals Mutational Signatures Related to Radiation-Induced Sarcomas and DNA-Damage-Repair Pathways. 2023 Dec:36(1)1004초록
5Longitudinal Analyses of Mutational Subclonal Architecture and Tumor Subtypes in Recurrent Bladder Cancer. 2023 May:24(9)8418초록
6Ultrafast prediction of somatic structural variations by filtering out reads matched to pan-genome k-mer sets. 2023 July:7(7)853-866초록
7Cellular abundance-based prognostic model associated with deregulated gene expression of leukemic stem cells in acute myeloid leukemia. 2024 Mar:12()1345660초록
8Longitudinal Transcription Profiling of Bladder Cancers dictate the Response to BCG Treatment and Disease Progression. 2024 Dec:25(1)144초록
9Spatial dissection of cellular heterogeneity and functional crosstalk in the tumor microenvironments of gastric cancers. 2025 May:74(5)714-727초록
10TGF-β Signaling and Tumor Microenvironment Dynamics in Bladder Cancer Progression Post-BCG Therapy: A Longitudinal Single-Nucleus RNA-Seq Study. 2025 Nov:25(1)1735초록
11Delineation of the heterogeneity underlying genomic instability in hereditary breast cancers reveals four disease subtypes. 2026 April:58(4)1254-1268초록