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김태민

주 임 교 수 김 태 민 Kim Tae Min
교수 정보
교육분야 Genomics, Oncology TEL 02-3147-8426
연구분야 Genomics, Oncology E-mail tmkim@catholic.ac.kr
소속 가톨릭의과대학 의료정보학교실 연구실 이름 systemsbiology.co.kr

연구실 소개

연구실 소개
연구실 소개

본 연구실은 차세대시퀀싱 등의 최신 유전분석 기법을 이용해 개인의 맞춤의학을 구현하는 연구를 수행하고 전문가를 양성하는 생물정보학 연구실입니다. 본 연구실에서 수행 중인 연구테마는 다음과 같습니다.



1. 정밀의학 구현을 위한 임상마커발굴 및 암유전체 분석


다양한 암종에 대한 차세대시퀀싱 수행 및 마커발굴: 임상협업을 통해 생산된 대용량의 암유전체시퀀싱데이터를 분석하고 다양한 플랫폼(WGS, WES, RNA-seq, scRNA-seq, epigenetics 등)에 특화된 분석기법을 개발 및 적용하여 암환자의 진단 및 치료에 이용할 수 있는 임상마커발굴



2. 암유전체진화(evolution) 및 미세환경(ecology)연구


- 암종의 다중생검(multiregion biopsy) 및 암발달과정의 매칭샘플(primary-metastasis)의 유전체 비교를 통한 암진화 연구 및 진화관련마커발굴

- RNA-seq의 deconvolution기법 적용 및 단일세포전사체(scRNA-seq)연구를 통한 다양한 암종의 미세환경 규명 및 면역치료 반응예측 마커 발굴



3. 공공암유전체데이터를 활용한 새로운 암마커발굴 및 알고리즘 개발


- TCGA/ICGC데이터를 활용한 과돌연변이(hypermutation), 미세부수체불안정성(microsatellite instability, MSI), 돌연변이시그너쳐(mutation signature), 돌연변이조합(mutation pair) 등의 연구

- 멀티오믹스통합분석을 위한 플랫폼 구축 및 임상데이터 응용기법 확립 등

학력

학력
연도 교육분야 학과 및 전공 학위
1994 ~ 2000 가톨릭의과대학 의학 의학사
2001 ~ 2003 가톨릭의과대학, 대학원 미생물학 석사
2003 ~ 2009 가톨릭의과대학, 대학원 미생물학 박사

경력

경력
연도 기관 직위
2014 ~ 현재 가톨릭의과대학 의료정보학교실 부교수
2013 가톨릭의과대학 암진화연구센타 연구조교수
2008 ~ 2012 하버드의과대학 Center for Biomedical Informatics) Research associate
2007 ~ 2008 가톨릭의과대학 미생물학교실 연구강사
2004 ~ 2007 질병관리본부 국립보건원 공중보건의
2001 ~ 2004 가톨릭의과대학 미생물학교실 조교
2000 ~ 2001 여의도성모병원 인턴

학회활동 / 위촉활동

학회활동 / 위촉활동
기간 학회명 / 기관 직위
2014 ~ 한국생명정보학회 이사
2014 ~ 대한암학회 이사
2014 ~ 한국유전체학회 회원

대표논문

대표논문
번호 논문제목 연결
1 The shaping of cancer genomes with the regional impact of mutation processes. Exp Mol Med. 2022 Jul;54(7):1049-1060 초록
2 Spatially Distinct Reprogramming of the Tumor Microenvironment Based On Tumor Invasion in Diffuse-Type Gastric Cancers. Clin Cancer Res. 2021 Dec 1;27(23):6529-6542 초록
3 Cross-species oncogenic signatures of breast cancer in canine mammary tumors. Nat Commun. 2020 Jul 17;11(1):3616 초록
4 Subclonal genomic architectures of primary and metastatic colorectal cancer based on intratumoral genetic heterogeneity. Clin Cancer Res. 2015 초록
5 Identification of rare germline copy number variations over-represented in five human cancer types. Mol Cancer. 2015 초록
6 A genome-wide view of microsatellite instability: old stories of cancer mutations revisited with new sequencing technologies. Cancer Res. 2014  초록
7 The mutational burdens and evolutionary ages of early gastric cancers are comparable to those of advanced gastric cancers. J Pathol. 2014 Pubmed 초록
8 Regional Biases in Mutation Screening Due to Intratumoral Heterogeneity of Prostate Cancer. J Pathol. 2014  초록
9 The Landscape of Microsatellite Instability in Colorectal and Endometrial Cancer Genomes. Cell. 2013 초록
10 Clinical applications of next-generation sequencing in colorectal cancers. World J Gastroenterol. 2013 초록
11 Functional genomic analysis of chromosomal aberrations in a compendium of 8000 cancer genomes. Genome Res. 2013  초록
12 Gene expression analysis reveals the cell cycle and kinetochore genes participating in renal ischemia reperfusion injury and early development in kidney. PLoS One. 2011 초록
13 Gene expression signatures associated with the in vitro resistance to two tyrosine kinase inhibitors, nilotinib and imatinib. Blood Cancer Journal. 2011 초록
14 A developmental taxonomy of glioblastoma defined and maintained by microRNAs. Cancer Res. 2011 초록
15 Advances in analysis of transcriptional regulatory networks. Wiley Interdiscip Rev Syst Biol Med. 2011 초록
16 rSW-seq: algorithm for detection of copy number alterations in deep sequencing data. BMC Bioinformatics. 2010 초록
17 Copy number variations in East-Asian population and their evolutionary and functional implications. Hum Mol Genet. 2010 초록
18 PathCluster: a framework for gene set-based hierarchical clustering. Bioinformatics. 2008 초록